提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
扎根新疆大地做好非遗传承文章******
讲述人:石河子大学新疆非物质文化遗产研究中心主任、文学艺术学院教授 吴新锋
党的二十大报告指出,繁荣发展文化事业和文化产业。健全现代公共文化服务体系,实施重大文化产业项目带动战略。作为一名高校教师,一名非物质文化遗产的研究者,我更加坚定了传承非物质文化遗产、培养更多优秀传承人、深入推进文化润疆的信心。
2009年,从北京大学中文系硕士毕业回到石河子大学工作时,我便确定了自己的目标——开展新疆非遗保护和研究。当时,了解新疆非物质文化遗产的人并不多,这为我们的研究增加了不少困难。但困难的事情总要有人去做,这是新疆的需要,也是时代的需要。
十余年来,我们扎根新疆大地做研究,从零开始探索和积累,逐渐影响和聚集起一批优秀人才,极大地推动了新疆非遗研究工作的开展。2011年,石河子大学新疆非物质文化遗产研究中心成立,这是新疆高校首个非物质文化遗产科研机构,是集非遗教学、科研、文化传承与社会服务为一体的重要平台。中心坚持“求真”原则,聚焦新疆工作总目标和新时代党的治疆方略开展非遗科学研究和资政服务,承担了三十余项国家、省部级课题,产出了一批标志性科研成果,出版了新疆首部非物质文化遗产课程教材《新疆非物质文化遗产概论》。
2016年开始,中心聚焦非遗人才培养,将其与手工艺行业发展、乡村振兴及非遗文旅融合升级等工作结合起来,立足国家战略需求和新疆、兵团现实需要开展工作。这一转变意味着我们对新疆非遗领域的研究由“求真”转为“致用”。经过多年的努力,新疆非遗传承人培养工作成果丰硕。家住新疆生产建设兵团第六师红旗农场的绣娘左拉汗,是我们承担的文旅部、教育部、人社部中国非遗研培项目哈萨克族毡绣布绣研培班第一期的学员,参加培训时她已经70岁了,是年龄最大的一位学员,却也是最努力、接受新理念最快的学员。参加培训后,左拉汗成立了哈萨克族刺绣合作社,不仅自己年收入突破五万元,还带领连队妇女职工一起创业致富,成为非遗助力乡村振兴的典型。
非物质文化遗产是中华优秀传统文化的重要组成部分。习近平总书记日前对非物质文化遗产保护工作作出重要指示,再一次让我们提振了信心。今后,我们将充分发挥非物质文化遗产在文化润疆、铸牢中华民族共同体意识和推进新疆伊斯兰教中国化方面的独特作用,继续在“求真”和“致用”上下功夫,力争在非遗助力乡村振兴、文旅融合升级、服务社会发展和更加系统性的科学研究方面取得新突破。
(光明日报记者赵明昊、光明日报通讯员甘秀叶采访整理)
《光明日报》( 2022年12月29日 05版)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)