提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
韩媒:美坠落卫星残骸或已飞越朝鲜半岛上空 未造成损失******
中新网1月9日电 综合韩媒报道,当地时间9日,韩国科学技术信息通信部(科技部)表示,当天坠入大气层的美国地球辐射收支卫星(ERBS)残骸或已飞越朝鲜半岛上空,尚未接到关于损失的报告。
韩联社称,卫星残骸的具体坠落时间和地点将由美国空军公布。韩科技部介绍,当美方观测到卫星坠落,或持续90至120分钟未观测到卫星时,即可断定卫星已经坠落。韩国国际广播电台(KBS)称,韩科技部将在美国空军完成分析后,正式公布卫星的最终坠落时间和地点等信息。
据报道,韩科技部此前曾研判卫星残骸或于9日12时20分至13时20分坠落在朝鲜半岛附近地区,并已于当日早间发布预警。上午11时31分许,科技部向全体国民发送灾难安全提示,提醒民众注意安全。
据悉,这颗卫星于1984年10月5日由“挑战者”号航天飞机发射,重2450千克,执行观测、分析地球热辐射分布的任务。该卫星卫星的设计寿命于2005年终结,此后继续绕地球轨道旋转,受重力影响逐渐向地球靠近。
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |