提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
俄乌局势进展:泽连斯基会见欧盟高官讨论能源重建 俄方称西方向乌供武无益解决问题******
中新社北京1月10日电综合消息:乌克兰总统泽连斯基9日会见欧盟委员会第一副主席蒂默曼斯,讨论重建乌克兰能源系统等问题。俄罗斯总统新闻秘书佩斯科夫9日向媒体表示,西方向乌克兰提供武器无法从原则上改变任何事情,只会延长乌克兰民众的苦难。
泽连斯基会见欧盟高官讨论能源问题
据乌克兰国家通讯社9日报道,乌克兰总统泽连斯基在基辅会见欧盟委员会第一副主席蒂默曼斯,讨论重建乌克兰能源系统及实施绿色项目等问题。
据报道,泽连斯基向蒂默曼斯介绍了乌克兰能源系统被俄罗斯袭击后的现状以及乌克兰过冬所需的援助情况。泽连斯基强调,作为重建乌克兰能源系统的一部分,乌将致力于推进绿色项目,并做好准备成为欧洲现代绿色能源枢纽之一。
报道称,双方强调了进一步加强对俄罗斯的制裁压力的重要性,尤其是在能源部门。
俄方:西方向乌供武无法从原则上解决任何问题
据俄罗斯卫星通讯社9日报道,俄罗斯总统新闻秘书佩斯科夫当天表示,西方向乌克兰提供武器无法从原则上改变任何事情,也无法阻断实现特别军事行动目标的进程。
报道称,早些时候,法国总统马克龙在与乌克兰总统泽连斯基的谈话中表示,法国将向乌克兰提供装甲车或AMX-10RC轮式坦克。9日,在被问到对法国上述决定作何评论时,佩斯科夫向记者表示,只谈论法国的决定几乎没有意义,整个欧洲、北约和美国都已通过提供武器向乌克兰注入了数百亿美元。他强调,这些武器供应无法从原则上解决任何问题,只会“增加乌克兰民众的痛苦,延长他们的苦难”。
美英防长讨论对乌安全援助
美国国防部网站9日发表声明表示,美国国防部长奥斯汀当天与英国国防大臣华莱士就两国国防合作通话。
声明指出,双方讨论了持续为乌克兰提供支持,包括提供安全援助等议题。声明还称,奥斯汀对英国持续向乌克兰提供援助表示赞赏。
俄媒:约100名顿巴斯乌军士兵因冻伤住院
塔斯社10日报道称,卢甘斯克武装军官马罗奇科当天向该媒体表示,近几日顿巴斯约100名乌军士兵因不同程度的冻伤从特别军事行动区被送往乌克兰医疗机构住院。
据报道,卢甘斯克地区目前气温为零下12至14摄氏度。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)